Karierę siatkarską rozpoczynał w ekipie Czarnych Radom. W ostatnim czasie grał w ekipie Dafi Społem Kielce, a od nowego sezonu będzie przyjmującym Cuprum Lubin. Miedziowy klub podpisał kontakt z Jakubem Wachnikiem.
Wachnik grając w Radomiu, gdzie wychował się siatkarsko, zajął 2 i 5. miejsce podczas Turnieju Nadziei Olimpijskich. Odnosił sukcesy w młodzieżowych rozgrywkach, a w sezonie 2012/2013 rozpoczął karierę w drużynie seniorów Czarnych Radom. W sezonie 2015/2016, Jakub Wachnik bronił barw belgijskiego Volley Precura Antwerpia. Później trafił do Dafi Społem Kielce. W tej ekipie grał dwa sezony. Obecnie, 25-letni Jakub Wachnik podpisał roczny kontrakt z drużyną Cuprum Lubin. – Obserwowaliśmy już zawodnika od dłuższego czasu. Bardzo ofensywny przyjmujący i pasuje do koncepcji drużyny – komentuje Tomasz Tycel, członek rady nadzorczej Cuprum Lubin.