Piłka ręczna w Flensburgu (przede wszystkim w Handewitt) ma długą tradycję. W chwili utworzenia Bundesligi zespół z Flensburga nie dostał się do niej. Potem jednak ulokował się w niej na długo. W roku 1980 zespół TSB Flensburg spadł z Bundesligi ponownie na jeden rok, natomiast SG Weiche-Handewitt (od 1976 roku jako związek sportowy piłki ręcznej Handewitter SV i ETSV Flensburg-Weiche) był od 1984 roku drużyną, która zaliczała często wzloty i upadki. W 1990 roku zespoły piłki ręcznej TSB i Handewitter SV (jednak bez ETSV Weiche) połączyły się razem tworząc SG (Spielgemeinschaft GmbH &Co. KG). W drugim roku działania jako SG uzyskało awans do pierwszej ligi piłki ręcznej Niemiec grając cały sezon bez straty punktu. Niestety pierwszy sezon w lidze zakończył się niespodziewanie spadkiem. Jednakże dzięki bankructwu zespołu TSV Milbertshofen drużyna SG mogła pozostać w pierwszej lidze. Ponadto dzięki upadkowi zespołu z Monachium powrócił do drużyny bramkarz Jan Holpert. Podczas sezonu nastąpiła zamiana na stanowisku trenera. Zvonimir Serdarusic – trener który wprowadził drużynę do ligi został zastąpiony przez Andersa Dahla. Pod kierunkiem nowego trenera drużyna, która w zasadzie spadła z ligi stała się jedną z bardziej liczących się , zajmując w kolejnym sezonie 4 miejsce. Od tej chwili SG nie zajął już w lidze gorszego miejsca. Z powodu czterokrotnego wicemistrzostwa w ciągu pięciu lat w drugiej połowie lat dziewięćdziesiątych drużyna zarobiła sobie na miano "wiecznego drugiego". Drużyna SG mogła sobie jednakże odbić częściowo te „niepowodzenia” w lidze zdobywając w 2003 roku Puchar Niemiec (DHB-Pokals). W latach następnych zespół SG osiągał kolejne zwycięskie tytuły. W latach 2003 do 2005 SG zdobyło puchar Niemiec trzy razy pod rząd, w roku 2004 zdobyło tytuł Mistrza Niemiec oraz zagrało w finale Champions-League. SG pokonało przed własną publicznością późniejszego zdobywcę pucharu Champions-League drużynę Celje, jednakże rewanż zakończyło porażką na boisku przeciwnika. W sezonie 2004/2005 SG osiągnął najlepszy rezultat punktowy w historii drużyny, ale tradycyjnie znowu został wicemistrzem – za zespołem THW Kiel.
Pierwszy raz w finale Champions-League stanęły naprzeciwko siebie dwie drużyny z jednego kraju , do finału bowiem dotarły zespoły THW Kiel i SG Flensburg-Handewitt. W pierwszym spotkaniu na własnym boisku SG Flensburg-Handewitt osiągnął remis 28:28 . Niestety rewanż skończył się porażką 27:29. Przeciwnik – drużyna THW Kiel, zdobyła potem puchar Champions-League 2007
Nowy szef Flensburga chce na początek swojego urzędowania poprawić design klubu: – Chciałbym zmienić wszystko – począwszy od oficjalnych druków, a skończywszy na klubowym programie Konter, który otrzymują nasi kibice przed każdym meczem. Zastanawiam się również nad modyfikacją klubowego logo. Chciałbym, aby bardziej przyciągało wzrok. Może to szczegóły, ale zapewniam, że bardzo istotne.
Wydaje się, że zespół Flensburga będzie miał ciężko, aby nawiązać do ostatnich sukcesów, czyli mistrzostwa Niemiec (2004) albo finału Ligi Mistrzów (2007). Z klubu odeszło kilku znaczących zawodników, a na ich miejsce nie pozyskano głośnych nazwisk. A ubytki są wyraźne, bo w kolejnym sezonie we Flensburgu zabraknie: Joachmia Boldsena, Jana Holperta oraz Jana Thomasa Lauritzena. Fynn Holpert nie załamuje jednak rąk: – Prawda, że odeszło kilku ważnych zawodników, w tym mój brat – Jan. Jestem jednak zdania, że z obecną kadrą mamy szansę na wywalczenie kolejnych tytułów. Nie przesadzę jeśli powiem, że jesteśmy na tyle silni, że możemy wygrać Ligę Mistrzów. Na razie potrzebujemy spokoju, aby zgrać wszystkie elementy i odpowiednio przygotować się do nowego sezonu.